烈先将统管探马赤军和汉军的都元帅改为统军司不久又将统军司改为行枢密院或行中书省。统军司乃至行院、行省的官员都由皇帝任命具有指挥作战、调配军需物品、措置屯田戍守等权力。

全国统一之后行枢密院相继撤罢在全国分设河南江北、江浙、湖广、江西、四川、云南、陕西、甘肃、辽阳、岭北十个行省。各行省所设平章二员兼管军事总督本省军马。行省平章一般以蒙古人充任间或择用色目人汉人不得任职。行省内的镇守军万户府、元帅府等都是行省的下属军府。在远离行省中心的地区或少数民族聚居区设立宣慰司“掌军民之务分道以总郡县。行省有政令则布于下郡县有请则为达于行省。有边陲军旅之事则兼都元帅府”（《元史·兵志七》）。宣慰司都元帅府下一般设有固定军府掌管部分军队。各行省的军队调需经枢密院批准传旨。行省内的镇戍和屯田也要由行省官员和枢密院协商确定。

当某一地区生战乱先由枢密院传旨所在行省平章调派军队镇压如不奏效则传命附近行省军会剿。有时也在战事颇繁的地区设立行枢密院临时提调从各省调来的军队战事平复后则撤销。

元朝末年为镇压农民起义在地方设立枢密分院、兵马司等机构在中央设大抚军司都是一时的应急措施元廷中央枢密院主管全务、各行省平章掌管地方军政、行枢密院作为临时性军事指挥机构的机制基本没有改变。

第三节兵役制度元朝实行征兵制的兵役制度但其方式则因民族不同而略有区别对蒙古各部采用成年男子皆兵的办法征集士兵其他民族实行军户制度。

蒙古各部十五岁至七十岁的成年男子不分贵贱和家庭人口数量都有服兵役的义务。成年男子平时从事牧业生产或其他工作一旦战争需要或者“空营帐而出”全体出征；或者“十人抽一”、“十人抽二”抽调部分人出征。忽必烈在至元四年（1267）正月对抽调蒙古军作了更明确的规定：“签蒙古军每户二丁、三丁者一人四丁、五丁者二人六丁、七丁者三人。”（《元史·兵志一》）元廷依然保留了签渐丁军出征的做法并在至元十九年（1282）十月有了更明确的规定：“签渐丁军士遵旧制家止一丁者不作数凡二丁至五丁六丁之家止存一人余皆充军。”（《元史·兵志一》）

探马赤军是从蒙古各部中签出来的并定立了专门的军籍。中统三年（1262）三月有人向忽必烈奏报：“在昔太祖皇帝所集按察儿、孛罗、窟里台、孛罗海拔都、阔阔不花五部探马赤军金亡之后散居牧地多有入民籍者。国家土宇未一宜加招集以备驱策。”忽必烈特派人与诸路官员协同招集探马赤军人并规定“若壬寅（1242）、甲寅（1254）两次签定军已入籍册者令随各万户依旧出征；其或未尝为军及蒙古、汉人民户内作数者悉签为军”1。入军籍的人户就成为军户。至元八年（1271）又核定了一次探马赤军的军籍探马赤军户（或称蒙古军户）乃成为元代军户之一种。

蒙古统治者在中原汉人民户中签的士兵也都定立了军籍。宪宗二年（壬子1252）“签诸路军籍”所编军籍称为“壬子籍”2。宪宗四年“初籍新军”至第二年完成所定军籍称为“乙卯年（1255）军籍”3。以后又有“己未年（1259）查定军册”、“至元八年（1271）军籍”和“至元十一年（1274）军籍”4。列名汉军军籍的人户就是汉军军户。

世祖至元二十年（1283）二月“命各处行枢密院造新附军籍册”。这一工作历时数年才完成所以新附军的军籍均以至元二十七年（129o）为准列名军籍的人户就是新附军户。

凡被定入军籍的人按照政府的规定不得改为其他户计也就是所谓“天下既平尝为军者定入尺籍伍府不可更易”5。

1《元史》卷一六六《石高山传》卷九八《兵志》一。

2《元史》卷一三四《阔阔传》《通制条格》卷二《户令·户例》。

3《元史》卷一四七《史天倪传》《元典章》卷十七《户部》三《逃亡》。4《经世大典序录·军制》。

5《经世大典序录·军制》。

汉军军户的签是以民户的财产和劳动力状况为依据的。元代民户分为上、中、下三级九等军户一般来源于中户。各军户的财力和丁口情况毕竟会有很大差别针对部分军户无丁或无力服兵役的状况政府很快推行了正贴户制度。依据军户的不同情况可以二、三户或四、五户合出军一名出人当兵的户就是正军户又称“军头”；其他各户出钱资助称为贴军户。正、贴军户由政府指定不能随意改变。如果正军户缺乏可以当兵的合适人丁由有丁的贴军户顶替正军户改为出钱资助。一旦正军户中有了合适的人丁便要继续出军1。

探马赤军户和新附军户不实行几户合出一军的制度。某些探马赤军户原来拥有“驱口”（奴隶）。驱口释放为民之后按照政府的规定即成为旧主人的贴户出钱资助出军。新附军户均没有贴户。

军户世世代代都要服兵役不能改变。军人如果在出征或出戍时逃亡要到原籍勾取他的兄弟子侄来顶替。探马赤军户以“军驱”（奴隶）代服兵役为政府所明令禁止。所有服兵役的人都要以“正身”（本人）应役不能逃避或“雇觅”他人代役。

如果军人在阵前战死本户军役可以“存恤”一年病死者“存恤”半年到期继续出人服兵役。在战争期间军人没有假期。战争结束后出征军人通常可以放还“存恤”一年或数年。元廷还采取了“番直”或“更戍”（轮流休假）的方法给军户以“作养物力”的机会。世祖时规定侍卫亲军以“十人为率七人三人分为二番：十月放七人者还正月复役；正月放三人者还四月复役更休息之”（《元史·世祖纪十》）。文宗至顺二年（1331）二月做了一点改动“命番休各卫汉军十之二以三月一日放还”（《元史·文宗纪四》）。地方镇戍军大多“岁一更代”一年轮换一次但边远地区往来不便更代时间往往长得多二三年甚至六年才能休假一次1。

探马赤军人的军需装备主要由军户自备不足部分由政府补给。汉军士兵的冬、夏军装和武器由政府给并按月放口粮每人米五斗盐一斤。服装的不足部分、其他装备和开支由本军户和贴户凑齐定期送到军中称为“封椿”（或“封装”）钱。新附军人的装备全由政府供给口粮每月米