由各卫都指挥使司掌管除东宫、后宫卫军外均隶属于专掌军政的枢密院之下。兵员征集上的差异也很明显。怯薛成员主要来自蒙古各部侍卫亲军士兵则不仅来自中原、江南的汉军、探马赤军和新附军（南宋降军）原来附籍在蒙古军中的色目人和流亡的蒙古子女等亦是重要来源。按照元廷的规定充当侍卫亲军的必须是精锐士兵因此侍卫亲军成为元军的中坚力量取代了蒙古国时期怯薛作为全军“大中军”的军事地位。

元朝的地方镇戍军队由驻牧在草原上的蒙古军和分驻各地镇守的探马赤军、汉军、新附军等构成。

蒙古军一般不出戍草原以外的地区仍然保持着有战事传檄集合、平时散归牧养的状态。千户组织还是蒙古军的基本组织形式。在元廷与东北、西北蒙古叛王的斗争中北疆的蒙古军队起了相当重要的作用。

探马赤军在中原等地区戍守的探马赤军在结束对南宋的战争之后被收聚到山东、河南、陕西、四川等要地屯驻并先后建立了山东河北蒙古军都万户府（1284）、河南淮北蒙古军都万户府（1287）、四川蒙古军都万户府（1289）和陕西蒙古军都万户府（1298）等机构分别置司于濮州（今山东郓城北）、洛阳、成都和凤翔专门管理探马赤军。

探马赤军人有了固定驻地后家属6续从草原牧区迁到中原农区逐渐与蒙古本部脱离关系。如哈剌鲁人伯颜“宋平天下始偃兵弗服乃土著隶山东河北蒙古军籍分赐刍牧在为编民遂家濮阳县南之月城村”。因为是举家南迁定居时间长久后游猎生活习俗逐渐改变“时北方之初至犹以射猎为俗后渐知耕垦播殖如华人”。这样的情况在当时应很普遍1。1详见陈高华：《读伯颜宗道传》《元史及北方民族史研究集刊》第1o辑。探马赤军人的后代都隶于军籍儿童被编为“渐丁军”有时称“小厮蒙古军”（《元史·兵志二》）。除了在朝廷指定的山东、河南、四川、陕西地区屯驻外探马赤军还经常被签出征和分番镇戍江南、云南乃至西北地区。

新附军南宋灭亡之际大批宋军降元被元人称之为新附军或新附汉军、南军等。新附军内名号繁杂但都不是宋军原来的番号而是元人因军队士兵所具不同特点而起的名称如原来在南宋领取口券的军人被称为“券军”（又有生券军和熟券军的区分）；在手臂或手背上刺字的宋军被称为“手号军”或手记军、涅手军等；在江南地区召集贩卖私盐的盐徒为军称为“盐军”等等。当时有人说元廷得宋降军“兵卒百万”1显然有所夸大因为南宋末年隶于兵籍的只有七十余万人大部分被元军消灭或击溃。估计当时新附军的数量在二十万人上下其中手号军人有八万三千六百人盐军六千余人选入侍卫亲军的精锐南军士兵二万人。

自招到大批新附军人后元朝统治者即着手将其原有的组织系统打散分编到元军的中央侍卫亲军（主要是汉人卫军）和地方镇戍军队之中；或以蒙古、汉人、南人军官相参建立新的军府管领新附军人。每当有战事生总是先调各军中的新附军人出征不参战的新军人则要从事屯田和工役造作。经过多年的战争消耗和自然减员新附军数量日益减少。到了元朝后期新附军的名称亦很少有人提起数量可观的新附军被元廷的各种军事组织和纷繁战事“消化”掉了。

原来在江北立足的汉军宋亡之后大多南下分驻江南各地屯驻并6续建立万户府、元帅府等统军机构管领驻军。杭州、扬州、建康、镇江等地是过去南宋统治的中心地带自然成为驻戍元军的重点防守地区往往建置数个万户府于一地如杭州设四万户府扬州、建康、镇江设七万户府等。其他重要城市及边远地区亦多有万户府等设置。万户府的名称往往不是该府的屯驻地点而是属下军人的户籍所在地。如保定万户府先后驻军于南康、建康、武昌颍州万户府守杭州等等。江浙、湖广、江西、四川、陕西、甘肃等行省之下均设有十几个乃至几十个万户府、元帅府属下军队以汉军为主体参入新附军人和部分色目军人。有的军府民族成分比较单纯如庐州万户府“一军皆夏人”即唐兀人1。

其他军事组织1胡祗遹：《效忠堂记》《紫山大全集》卷十一。

1余阙：《送归彦温赴河西廉使序》《青阳集》卷四。

在地方镇戍军队中还包括“乡兵”一类的军事组织主要由边疆地区少数民族人组成。辽东有高丽军和女直军由依附元廷的高丽人和金朝灭亡后留在辽东的女直遗民编成。云南有寸白军又称爨僰军由云南土著民族爨人和白人组成。湖广有土军、黎兵、洞兵、徭兵等由今黎族、壮族、瑶族等民族的先民组成。福建有畲军由畲民组成。吐蕃地区的藏人编成吐蕃军。这些军队或由所在地区的万户府、元帅府兼管或设立专门的万户府、千户所等隶于宣慰司都元帅府之下。

元代军队的部署凸显出忽必烈等人的谋虑表现了内外相维、层层控扼的特征。大都、上都和“腹里”地区驻扎中央宿卫军队作为军事控制的核心。北面草原上的蒙古军和驻守在黄河南北、陕川要地的探马赤军合成一圈藩护中央的防线。在江南地区及沿边地区戍守的汉军及“乡兵”等则形成一道更大的防线。一旦生战争不但当地军队参战邻省军队和探马赤军等都可迅调来；如需要的话侍卫亲军亦可出征。探马赤军监视各行省的汉军等又有侍卫亲军作为后盾形成一套较严密的镇戍体系。

蒙古建国初期没有兵种的区别军队全为骑兵。招降到汉军之后有了步兵不久又将制造和使用攻城炮具的工匠、军人集中起来称为炮军或炮手军；各军中擅长水战的人也被编组在一起组成水军或水手军。入元之后炮军和水军受到高度重视尤其是水军的训练和扩编被纳入军队展计划之内并在灭宋战争中起了重要的作用。除了在一些万户府中配备炮军和水军外元廷还设立了炮水手元帅府、炮手军匠万户府、水军万户府、水军元帅府等专门机构。这些机构和军队大多