二人之间，或许满桂对上司不够尊敬，于是袁崇焕要求将满桂调走②。
朝廷群臣都知道满桂打仗的本事，但将帅不和总是不对，便依从了。可是经略王之臣极力认为满桂决不可去。朝廷召还满桂的命令已颁下了，于是听了王之臣的主张，再命满桂镇守山海关。袁崇焕坚决不接受。朝廷无法，只得将满桂调回北京，保留左都督原官，派在国防机构办事。
这件事情显然是袁崇焕的蛮子脾气发作，冲动起来，作出了违反理智的决定。由于王之臣袒护满桂，袁崇焕又去和王之臣吵闹。朝廷怕王之臣与袁崇焕不断冲突，坏了大事，于是将指挥权划分为二：关内的部队由辽东经略王之臣指挥，关外部队则由辽东巡抚袁崇焕指挥。经略的官比巡抚大，但这时袁崇焕已不属辽东经略管了。
袁崇焕毕竟是个光明磊落的大丈夫，冷静下来之后，知道是自己的不对，于是上奏请再用满桂。朝廷当然批准，派满桂兼统关内外兵马，赐尚方剑。王之臣和袁崇焕是文官，等于现在的政委；满桂是武将，是部队司令。武将受文官指挥。幸亏袁崇焕不坚持错误，否则二次宁远大战，就不能得到满桂这样的大将来主持城防。
在这时候，袁崇焕上了一道奏章，提出守辽的基本战略，这道奏章有很大的重要性。其中主张：一、用辽人守辽土；二、屯田，以辽土养军队；三、以守为主，等待机会再出击。他最担心的事，是立了功劳之后，敌人必定要使反间计，散播谣言，而本国必定有人妒忌毁谤③。
他深知明军的战斗力不如清军，野战不利，只有用己之长，所以提出了战术的基本原则：“兵不利野战，只有凭坚城、用大炮一策。”
所统带的部队无力打野战，作为主帅，自然深感棘手。但训练一支善打野战的劲旅，非一朝一夕之功，那是无可奈何的；而对于势所必至的朝臣忌功中伤，更是无可奈何，只有盼望皇帝和大臣们能加以照顾了。
袁崇焕也不是一味的蛮干，有时也有他机灵的一面。他对魏忠贤派去监视他的两名特务太监敷衍得很好。当年冬天，他带同赵率教以及两名特务太监刘应坤、纪用，兴办防御工事及屯田，渐渐又再收复了高第所放弃的土地。
他在奏章中将这两名太监的功劳吹嘘了一番，所以魏忠贤和刘应坤、纪用三人都得到了封赏。刘、纪二人似乎也不是坏太监，并没有对袁崇焕掣肘阻挠，后来宁锦大战，刘应坤在宁远上城督战，纪用在锦州上城督战，都勇敢得很。大概二人为袁崇焕的忠勇所感召，也变得忠勇起来。可见也不是所有的太监都是坏人，主要还在领导者如何领导。
①《明史·满桂传》：“桂椎鲁甚，然忠勇绝伦，不好声色，与士卒同甘苦。”《明史·赵率教传》：“率教为将廉勇，待士有恩，勤身奉公，劳而不懈，与满桂并称良将。二人既殁，益无能办东事者。”
②袁崇焕奏章中说满桂“意气骄矜，谩骂僚属，恐坏封疆大计，乞移之别镇，以关外事权归率教。”
③《明史·袁崇焕传》引述他的奏章：“陛下以关内外分责二臣。用辽人守辽土，且守且战，且筑且屯。屯种所入，可渐减海运。大要坚壁清野以为体，乘间击瑕以为用。战虽不足，守则有余。守既有余，战无不足。顾勇猛图敌，敌必仇，奋迅立功，众必忌。任劳则必召怨，蒙罪始可有功。怨不深则劳不著，罪不大则功不成。谤书盈箧，毁言日至，自古已然，惟圣明与廷臣始终之。”
七
努尔哈赤死后，第八子皇太极接位。
皇太极的智谋武略，实是中国历代帝皇中不可多见的人物，本身的才干见识，不在刘邦、刘秀、李世民、朱元璋之下。中国历史家大概因他是满清皇帝，由于种族偏见，向来没有给他以应得的极高评价。其实以他的知人善任、豁达大度、高瞻远瞩、明断果决，自唐太宗以后，中国历朝帝皇没有几个能及得上①。
努尔哈赤是罕有的军事天才，这个老将终于死了，继承人是一个同样厉害的人物。皇太极的军事天才虽不及父亲，政治才能却犹有过之。袁崇焕所受到的压力一点也没有减轻。皇太极接位之时，满洲正遭逢极大的困难。努尔哈赤新死，满洲内部人心动荡。努尔哈赤遗命是四大贝勒同时执政，行的是集体领导制，皇太极的权位很不巩固。在经济上，因为与明朝开战，人参、貂皮等特产失去了传统市场。满洲当时在生产上是奴隶制，掳掠了大批汉人来农耕，生产力相当低。但军队大加扩充，这时已达十五万人，军需补给发生很大问题，偏偏又遇上严重的天灾，辽东发生饥荒②。如向关内侵略，却又打不破袁崇焕这一关。
在这时候，皇太极定下了正确的战略：侵略朝鲜。
朝鲜物产丰富而兵力薄弱，正是理想的掠夺对象。在外交上，朝鲜采取的是“事大”政策。明清交战时，朝鲜出兵助明，又供给明军皮岛总兵官毛文龙粮食，成为满清后方的一个牵制。皇太极进攻朝鲜，可以解决经济上、战略上的双重困难，同时在必定可以得到的军事胜利之中树立威望，巩固权位。
明朝方面的困难也相当不小。
训练一支既能守，又能战，再能进一步收复失地的精锐野战军，需要相当时间。
袁崇焕任宁前道佥事时，山海关外四城，纵深约二百里，广约四十里，屯兵六万余人，粮饷全靠关内支给。后来在孙承宗、袁崇焕主持下，恢复锦州、中屯、大凌河诸城，国防前线向北推展，屯田数千顷，兵士足食。高第代孙承宗为经略，尽弃锦州诸城，宁远没有了外卫，也没有了粮源。靠朝廷接济是很靠不住的，朝廷对于拖欠粮饷向来兴趣浓厚。袁崇焕做辽东巡抚，首要目标是修复锦州、大凌河等城堡的守备，然后屯田耕种。但筑城工程费时甚久，又不能受到敌人干扰，在和满清处于战争状态之时无法进行。
所以明清双方，都期望有一段休战的时期，以便进行自己的计划。明方是练兵、筑城、屯田，清方是进攻朝鲜，巩固统治。在这样的局势下，具备了议和的条件。
明方的议和是攻势的，最后目标是消灭满清，收复全部辽东失地。清方的议和主要是守势，目的在巩固已得的土地，要明方承认双方的现有疆界，双方和平共处，进行贸易。因为明清双方的国力实