担任起了辅佐幼主的重担。宪死,他的儿子上杉能宪以及上杉朝房分别作为两家上杉而担任间隔式地关东管领,也就是说每一任关东管领由一家出任,每一家不能连任。能宪之后,其弟弟上杉宪春担任关东管领的时候,因为氏满抱有征伐将军足利义满的野心,可惜因为势力的悬殊氏满不可能战胜足利义满,所以宪春为苦劝氏满而自杀。
后来由宪春的兄长上杉宪方代替他成为关东管领,起初宪方是居住在镰仓山内建的居馆,之后创建明月院作为上杉家族的氏寺,以后此流就被称为山内上杉氏。在宪方之后虽然由其子宪孝来子承父业,但在他父亲宪方病死后不久宪孝就辞职了,最终是犬悬上杉氏的朝宗成了新的关东管领。
宪孝辞任以后,山内上杉氏的当主是由宪孝的弟弟宪定来继承的,据说将军足利义满比起作为关东管领的犬悬上杉氏的上杉朝宗来说,他应该更信任宪定。果然在朝宗辞任后很快宪定就被任命成为新的关东管领。可是不久后宪定也因病而辞去了关东管领的职位,于是义满不得不让朝宗的儿子上杉氏宪(禅秀)来继任管领。但是谁也想不到,应永二十二年(1,氏宪借某个事件为借口与公方家足利持氏公开对立,也就顺势辞去了管领的职位。取而代之的则是宪方的儿子上杉宪基。二十三年,禅秀与足利满隆商议讨伐足利持氏,并和持氏的弟弟足利持仲共同举兵出战。而这边关东管领宪基汇合同族的上杉氏定以及上杉宪长一起向禅秀开战了,第二年平定了战乱。
在宪基之后的是越后国守护上杉房方的儿子宪实继任关东管领。在上杉宪实之后虽是上杉宪忠以及上杉房相继出任管领的职位,但此时关东发生了大动乱,宪忠被足利成氏所诱杀,房也在武五十子阵中病死。接着越后上杉房定的儿子定继承了山内上杉氏的家业,和扇谷上杉氏的上杉定正进行抗衡,而是后来于永正七年逃往越后。最后定是在越后守护代长尾为景的信浓国高梨政盛的征讨战中死去的。
到了定以后上杉氏就处于日渐衰落之际了,天文十四年(1545)到了上杉宪政的时候,在与北条氏康的河越地区的河越合战中败北,宪政逃往上野国的平井。可是不久后,天文二十一年时上野平井城也被北条氏康所攻打,因为支撑不下去了,宪政就拜托长尾景虎(上杉谦信)而逃到了越后国府中的别馆中。永禄四年,上杉宪政把关东管领一职让给了长尾景虎,之后景虎一流就承袭了上杉氏的名号,最后在江户时代作为米泽藩的藩主迎接明治维新的到来。
上杉氏曾经是北条家制霸关东的最大敌手,名将太田道灌、太田资政父子就效力于上杉的一支。现在,上杉家已经被越后的长尾家接管,被丰臣家勒令不得参与关东讨伐战,所以目前来说,能够利用的关东豪族,乃是太田、佐竹、结城、宇都宫等家派。德川家康率三万步骑从骏府出发,开始进军关东。
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天正六年,三岛村上水军在木津川口为织田水军的铁甲船大败。使毛利方痛失以往在水上的战斗优势。同时,河野家也意图削减村上通总征收帆别钱的利益,要求上缴一部份给主家河野氏。至此,村上通总自父辈以来对河野氏长年来的不满终於爆。就心理学角度来分析,村上通总对河野氏当主之位有著潜在的渴望,人对本有机会却又不再可能入手的利益有著最大的不甘与野心,对父亲本来有机会可继为河野当主却不成,有著相当的怨气,尤其当时通总年纪仍小,所以更容易因为对事情的看法不成熟而有著自我判断黑白的刻板印象留存,而在心中潜藏了对河野氏的不忿,甚至有意愿替父亲夺来这家督之位,这样的心理状态其实就跟东晋时桓温逼位不成,後来其幼子桓玄继而行之的行为相若。
天正七年,村上通总联合风早郡鹿岛城城主二神丰前守和来岛村上氏一族的葛笼屑城主村上吉高向河野氏树起反旗,透过秀吉的使者接触织田方,并且攻灭灵仙山城的中川氏和幸门城正冈氏,後二神丰前守意图袭杀野间郡高仙山城主池原通成,但是以失败告终,於是二神丰前守随即进攻高仙山城,但是再度兵败。投入来岛城依附通总。当时通总起兵,未得到重臣村上吉继的认同,於是以吉继为,仍有一部份家臣依然留在河野家。翌八年,葛笼\\屑城主村上吉高被河野氏攻破,同年九月通总进攻风早郡柳原时也为横山城主南通师所阻。
天正十年三月,村上通总,正式投向织田家,毛利家为防因岛、能岛两家村上水军有相同行为,於是要求两家再度重申盟约,後联合出兵声讨来岛村上家,同时以能岛村上氏为主攻入越智郡大岛、风早郡忽那岛和来岛村上氏交战,尽管村上通总和二神重成一度击退来犯的毛利军,但是在因岛村上氏、河野氏也加入战局後,在兵力悬殊下村上通总先於惠良山城战败,後於当年六月,龙门城、灵仙山城相继陷落,连居城来岛城亦不保,最後村上通总为逃生与兄长得居通年持舟越海至备中上岸,投向羽柴秀吉阵营。後在京都时,羽柴秀吉以来岛代称时任秀吉侧近的通总,於是通总遂於此改以居地为姓,将姓氏由村上易为来岛改名来岛通总。
自织田信长於本能寺之变中横死後,毛利家与羽柴秀吉再不敌对,而秀吉也在山崎会战讨伐明智光秀、贱岳之战打败柴田胜家後成功取代信长的地位,天正十二年时在秀吉的命令下来岛通总自村上武吉处取回了失去两年多的来岛城。後於天正十三年秀吉起四国讨伐时,来岛通总随毛利军进行伊予侵攻。担任小早川军的先锋活跃。
东瀛的水军战法大多师从苍陆水师。
水面上交战。那时水战中使用的舟船,具有相当的规模。据《神机制敌太白阴经》载:“水战之具,始于伍员。以舟为车,以辑为马”。这些代替陆上车马的舟楫,为水军的建立创造了条件。《越绝书》记载,伍子胥还著有