细川藤孝随织田军转战大和、摄津，因战功担任回封旧领山城胜龙寺，并同时被任命为幕府奉行众担当各项政事的推动。织田信长在永禄十三年提出的五条书和在元龟三年向义昭提出“异见十七”对将军的权威严重伤害方的对立日益表面化，以足利义昭的家臣身分仕於信长，可说是同时臣事二君的细川藤孝为了安抚两边相对的不满情绪而来回奔走、居中调解，如此亲近信长的行为使义昭对细川藤孝渐生心，认为藤孝已投靠信长是对信长不满的足利义昭暗中与武田信玄、本愿寺显如、朝仓义景、浅井长政、比山延历寺、三好三人众等反信长势力组成信长包围网，这时的藤孝果断地离开多年服侍的义昭而投靠拥有远见和才干的织田信长。此，细川藤孝便以织田家武将的身份转战畿内活跃於对本愿寺、纪伊的战场上，後於天正元年细川藤孝积功获得加封山城长冈的领地姓长冈，之更以此为根据攻下淀城。

天正五年，藤孝与织田信忠、羽柴秀吉一同攻陷叛将松永久秀的大和信贵山城，嫡子忠兴也随明智光秀攻入大和片冈城，翌年

的促合下让藤孝之子细川忠兴与明智光秀结亲，迎娶玉子。然将细川藤孝、忠兴父子一同被编入明智光秀属下负责进攻丹波、丹。丹的一色义道曾一度率兵将之击退，细川藤孝遂一面向明智光秀求援，一面暗中收买义道身边的家臣沼田勘解由，於翌年再次攻击一色义道的居城八田城，义道败走至中山城，最後因家臣沼田勘解由的背叛而自杀。由於这样的功劳细川藤孝被信长任命为丹後一国十二万石之主，之後藤孝开始努力经营丹後国田边城。

天正十年，本能寺之变後明智光秀欲拉拢女婿细川忠兴及其父藤孝参加自己的阵营，他有如此的自信是有原因的，自义昭前往越前朝仓氏起同样是精通和歌、文学的文化人交情极深方更有姻缘关系，光秀将他的女儿玉子嫁给了藤孝之子忠兴为妻信长双方之间的关系不可谓不深。不料藤孝却在此时|度出家，号幽斋以示为信长哀恸之意，将家督一职让给忠兴，并决定加入以讨伐叛逆光秀为名的羽柴秀吉一方，山崎之战後光秀败亡吉对藤孝在本能寺之变时未支持明智光秀之举大表赞赏，得到了原属於光秀在丹後的四万石领地，之後藤孝在宫津城的细川宅中暗杀了投降的一色义定，由於当初投降时一色义定是以迎娶细川藤孝的女儿为条件和解，因此他万万没想到藤孝会杀害已是女婿的自己。义定在宫津被杀的消息传开，丹波吉原城主一色义定的叔父义清成为弓木城城主并继任家督，但是藤孝已先发一步命细川忠兴包围弓木城，而细川兴元则包围了吉原城，最後义清亲自杀入细川军本阵，於下宫津战死室幕府四职家之一的一色家宣告灭亡，藤孝完全平定了丹。

细川藤孝是当代著名的文化人，通晓各种礼仪典章，尤其擅长和歌、连歌集古今歌道之大成，著有和歌集《众妙集》、《百人一首抄》等，深受朝廷重视，著名门人有智仁亲王、乌丸光广、中院通胜，甚至连贞门谐之祖松永贞德及名歌人木下长啸子，都曾经获得藤孝的指导。此外丰臣秀吉在世时藤孝亦曾教导他朝廷的古今礼法，对秀吉推动的朝廷政策有极大的助益。

“不好敌袭！”沟尾茂朝忽然大叫一声。

“别担心，只是一些野武士。”前野长康眼尖，一眼就看清了只不过是一群衣不蔽体食不果腹的野武士，这些应该都是些穷苦农民，也没什么武艺因为最近的战乱无法安心在家种地，所以趁乱干起了山贼的勾当。

“我去杀了他们！”光春大喝道。

“嗯干掉他们！”明智光秀也意。虽然是十几个残兵败将，但对方二十多名农民武装还是轻而易举的。

看着众人将干农民兵斩杀中半兵卫没有参与，却似乎若有所思。

“主公没事！”刚才两方激战时，明智光秀因为负伤的关系，不小心被一个农民又射中一箭，正中胸口，幸好入肉不深，又被肋骨卡住了箭头，应该没有大碍。

明智光秀痛得脸色更苍白，勉强说：“我没事。”

“主公，把你盔甲还有头盔都取下来。”绣中半兵卫忽然说。

“重治，你的意思…”明智光秀似乎很快明白了什么，挣扎着将自己的头盔和衣甲都脱了下来。

“沟尾茂朝，把主公的衣物给这具尸体换上！”竹中半兵卫接着下令说。

“啊，我明白了。这个农民倒与主公有三四分相似，最难得的是他似乎没有经过什么劳作，皮肤也很白皙，应该不会被敌军识破。”沟尾茂朝定睛一看，也明白了竹中半兵卫的计谋。

“那么事不宜迟，快快进行吧！”竹中半兵卫似乎有点焦急。这么一耽搁，羽柴秀吉的追兵很可能马上就要杀过来了。

“好了。这下应该可以偏过羽柴军了。主公，你先忍耐一下，到了本城就可以进行治疗和包扎了。”绣中半兵卫吩咐沟尾茂朝和前野长康搀扶着明智光秀撤退。

明智光秀等人走后不久，又来了几个流民武装分子。

“哇，发了，这个应该就是征夷大将军明智光秀吧，不知道怎么会死在这里！”一个农民说。

“嘿们就说是我们袭杀得，割下他的头颅去招羽柴大人领赏去！”另一个农民说。

在京都山科小栗栖遭到土民袭击，光秀被竹枪刺伤。当地的农民发现这里有几具尸体；一具身穿有桔梗纹的华丽铠甲，被农民割了首级。这也就是蓬莱成语三日天下的由来从发动“本能寺之变”打败织田信长取得政权到山崎战败明智光秀仅仅只掌握了十二日天下。后人以此喻掌权时间之短暂。

“主公，我看这个首级不一定是明智光秀的。”查看了农民们献上来的明智光秀首级，黑田官兵卫说。

“嗯，我也有这方面的怀。不过，明智光秀毕竟是征夷大将军，他死了比没死好，就当这个是他把论是真是假。”羽柴秀吉似乎另有谋算。

“主公，我们两人要改变身份。”回到本后，明智光秀经过简单的包扎和治疗，已经没有大碍了，竹中半兵卫马上来见他。

“应该怎么做？”明智光秀问。

“很简单。我们先用金箍扎起头发，扮成头陀。蓬莱各地