但从战场上侥幸逃脱的残兵败卒络绎不绝地回到京师。京城的人们开始惊疑不定，流言纷起，私相传言。一些官员和富绅开始收拾自家的细软，预备逃走。整个北京城人心惶惶，陷入巨大的恐慌中，京师形势十分危急。
八月十九日，于谦奏请郕王朱祁钰命调南北两京、河南备操军士、山东及南直隶沿海备倭军士、江北及北京诸府运粮军士都急来京师，担任守卫。
当时通州官仓存有数百万石粮食，而朝廷又没有足够的人力、物力将其运入北京城中。有大臣担心被敌军侵夺，建议先行焚毁。应天巡抚周忱建议将仓米充作京军一年饷粮，令军士自行前往通州领运进城。当时百官俸禄多以米支付，于谦由周忱之议得到启发，请命预支文武京官本年九月到明年五月的俸粮，军士各预支半年饷，各自到通州仓领取。特派都御史陈镒总管运粮事，征用顺天府大车五百辆，专门用以起运通州官粮进京。民间有车之家，能从通州运粮二十石到京师仓库者，即由官府发给脚银一两。
当然，正如兵部尚书邝埜密信所提示，做好防守北京准备才是重中之重。为了尽快募集兵丁，于谦更命赏给新选余丁官军和旧操舍人及应募新兵每人银一两、布二匹，守城匠人、守门军火夫和皇城四门内外官军每人布二匹。
于谦当机立断，利用通州仓预支年饷一举，可谓随机应变的高明措施，不但令群臣和明军将士受惠，而且也延缓了瓦剌也先进攻北京的日期。当时蒙古部族骑兵入寇，从来都是就食当地。也先打听到通州仓官粮已散尽，而京畿四周坚壁清野，备战甚严，觉得此去多难，便起了归意。
于谦开始大举调军运粮的行动后，京城人心稍安。于谦又奏请调动靖远伯王骥所领湖广兵、宁阳侯陈懋所领浙江兵，火速赶来京师充实守备力量。但因王骥路远，先令陈懋率浙兵北上。各地军兵陆续到来，北京局面安定了下来。
八月二十一日，于谦正式升任兵部尚书，全面负责保卫北京。
八月二十二日，孙太后下旨，立明英宗朱祁镇长子朱见深为皇太子，仍命郕王朱祁钰代为总理国政，大事皆告孙太后。
大明新立的皇太子朱见深此时年仅两岁，自然难以理政，孙太后女流之辈，又无法亲自出面，所以只好由明英宗异母弟郕王朱祁钰代为总理国政。
正式诏告天下后的第二天，郕王朱祁钰驾临午门，主持群臣集会议事。
朱祁钰最关心的是北京的守备情况，但他还来不及开口询问，都御史陈镒首先上前，倡议严厉追究造成奇耻大辱的罪魁祸首王振的责任，认为王振倾危社稷，构陷皇驾，应该诛杀王振家属及其党羽，抄没财产，以此来安定人心。
陈镒在民间名声很大，做了许多利国利民的好事。但其人精通权术，王振当权时，陈镒为了巴结其人，每次都跪在门口迎接，又曾在审案时公然袒护司礼监提督太监金英。此刻他忽然一改前态，厉声指斥王振，令人瞠目结舌。
王振专权已久，为天下人所痛恨，但群臣之前都是敢怒而不敢言。陈镒开了头后，群臣争相上前，宣读王振罪状。郕王朱祁钰没有治国经验，不知该如何答复。一些大臣们开始痛哭，声震殿宇。朱祁钰见此状况，便想退入内庭。
这时候，锦衣卫指挥马顺站了出来，大声道：“王振已经死了，还说他做什么？”
马顺是王振的亲信，一直充当打手，帮助王振铲除异己，干过不少坏事，史称“流毒天下”。比较恶劣的有枷国子监祭酒李时勉于国子监门外示众，杀死并肢解侍讲刘球等。
此时，众臣正要求追究王振罪责，本来就群情激愤，马顺还不识时务地站出来，愈发火上浇油。给事中王竑性如烈火，嫉恶如仇，头一个按捺不住愤怒，冲上前去揪住了马顺的头发，痛斥道：“你以前帮助王振为恶，狼狈为奸，凶威不小，今国家危急至此，你还敢如此狂妄耶？”越骂越怒，竟张开嘴，一口咬下马顺肩膀上的肉。
其他议事官员也是怒火中烧。一拥而上，围住马顺拳打脚踢。众人拾柴火焰高，马顺立即被当场打死，王竑也因为此事而名震朝野。
马顺死后，现场秩序一片混乱，开始失控。眼见朝仪大乱，群情汹汹，郕王朱祁钰被吓得目瞪口呆，不知所措，慌忙起身，惊避入内。内使刚要关门的时候，群臣怒意未平，紧跟上来，蜂拥而入，一定要朱祁钰下令族诛王振。
司礼监提督太监金英喝令百官退去，但群情激愤，无人肯退，堵在内宫门口，高叫着要搜捕王振亲信宦官毛贵、王长随二人。金英见情势不妙，忙命人将毛贵和王长随从宫门门缝中推了出去。毛、王二人立即被群臣聚殴而死，由此可见与王振积怨之深。
再过一会儿，王振的侄子王山也被人抓来，捆绑后跪在大殿前。众人争相上前向他唾骂，呶呶不绝。一时间，“朝班大乱，卫卒声汹汹”。
郕王朱祁钰见状畏惧不已，急忙抽身，打算先离开现场再说。于谦奋力排开众人，抢上前拉住朱祁钰的衣襟，告知道：“郕王殿下绝对不能在这个时候离开，倘若殿下就此一走，今日之事，再也无法收束。”
朱祁钰才二十二岁，加上明代自成祖朱棣后，对藩王大加限制，不得参与朝政，所以郕王没有任何政治经验，也没有得到过这方面的教育。他不明所以，唯恐发生哗变，拼命挣扎要走，将于谦的袍袖都撕破了。
于谦死活不肯放手，详细解释道：“此时群臣一起动手，当殿杀了人，等到激愤平息下来，参与之人定然会有后顾之忧，这样便更是人心惶惶不安了，这才是哗变的根源。”又恳请郕王下令灭王振族属，并为闹事的群臣辩解，称廷臣忠愤，无暇顾忌，符合《春秋》诛乱臣贼子之大义，道，“臣等本为社稷，无他耳。”
郕王朱祁钰走也走不脱，无可奈何，这才不得不听从于谦的建议，大声下令道：“马顺等人罪当死，其他众人不论。”现场秩序由此恢复。
这场撕打事出突然，仓促间郕王朱祁钰完全不知道该如何处理，全靠于谦当机立断，处理得宜，使混乱的局面迅速得到平息。于谦缓步退出左掖门时，吏部尚书王直握着于谦的手，诚恳赞叹道：“国家正赖公耳。今日虽百王直何