意皇帝丈夫所作所为，希望妥欢帖木儿退位，由自己的儿子爱猷识理达腊继位。朝臣也分化为两派：一派以御史大夫老的沙、知枢密院事图坚帖木儿为首，拥护皇帝；一派以皇后奇氏、丞相搠思监、朴布华为首，支持皇太子。两派几乎势均力敌，矛盾急剧尖锐。明争暗斗的内讧造成朝纲混乱，元帝诏令失去作用，各地守军独霸一方，农民起义此起彼伏，局面终至土崩瓦解。
妥欢帖木儿放弃大都、北逃回蒙古高原老家后，残存在中原各地的元军立时陷入群龙无首的境地，整个中原战场发生了根本性的变化。不久，朱元璋在应天[15]即位，是为明太祖，国号“大明”。
在一代天骄成吉思汗称霸天下的时代，蒙古武功震惊世界，改变了整个亚洲甚至欧洲大部分地区的格局。蒙古曾疯狂地扩张，因而拥有极为庞大的帝国。而在辽阔无垠的蒙古版图下，中原不过是其中极小的一块，用“九牛一毛”来形容也不为过。妥欢帖木儿虽被赶出了中原，却仍然是蒙古帝国名义上的大汗，对蒙古各汗国、部落享有宗主权，因而大元王朝虽然灭亡，但蒙古帝国的势力和根基仍存，“引弓之士，不下百万众”，历史上将这一政权称为“北元”[16]。终明一朝，北元始终对明朝的北部边疆构成强有力的挑战与威胁，此即史书中所言：“终明之世，边防甚重。”这“边防”，即指明廷为了防御蒙古北元势力入侵所设置的“九边”防线。
妥欢帖木儿向北走到应昌[17]，心情十分不好。他是元朝皇帝中接触中原文化最深的一个，难免不产生“去国怀乡”的悲凉。虽然一心想回到中原，但此时明军兵锋锋锐，他始终不能如愿以偿。
洪武三年（1370年）四月，回到北方草原两年后，妥欢帖木儿因患痢疾，病死在应昌，庙号“惠宗”，终究未能实现他再回到中原的夙愿。明太祖朱元璋认为妥欢帖木儿在国破家亡之前夕，能够“识时务”，放弃背城一战而逃窜漠北，是为“顺天命”，所以特意加号“顺帝”，历史上习惯称其为元顺帝。
元顺帝死后一个月，明军大批兵马赶到，全力围攻应昌城，一日而下。元顺帝后妃、皇孙、诸王、官吏全部被明军俘虏，只有太子爱猷识理达腊率十余骑逃脱。
但蒙古实力犹存，蒙古贵族追忆中原的繁华与富庶，“犹有觊觎之志”，有心再度入主中原，不断组织力量反攻。而明太祖朱元璋为了巩固江山统治，亦三番两次派大军深入漠北，想彻底消除来自蒙古的隐患。由于补给困难、生活习惯等诸方面因素制约，明军虽然取得了决定性的胜利，却未能永久占据草原地区，从而形成了明朝与北元南北对峙的局面。
明成祖朱棣即位后，为了应付北元对明朝的威胁，对蒙古采取了征讨和招抚并用的策略。朱棣本人几度亲征漠北，甚至不惜迁都北京，是为历史上令人瞩目的“天子守边”。在朱棣执政时，蒙古势力急剧分化衰弱，明军军威达到了巅峰，最终取得了决定性的胜利。然而，强兵耀武的朱棣死后仅二十五年，宏伟壮丽的紫禁城便面临了一次濒临绝境的危机——土木堡之变。
明英宗正统十四年（1449年）二月，蒙古瓦剌部落首领也先遣使两千余人入境，以贡马为由，向明廷邀赏。把持朝政的大宦官王振发现瓦剌虚报人数[18]，不肯多给赏赐，并减去原定马价的五分之四，以此作为惩戒。瓦剌便借机制造衅端，于同年七月率大军向明边境骚扰，明军一败再败。
战报传到京师北京后，明英宗朱祁镇年轻气盛，竟听信王振的怂恿，率五十万大军御驾亲征，结果被瓦剌两万骑兵击溃，五十万明军“死伤过半”，朱祁镇本人于土木堡被俘，这就是明朝历史上著名的“土木堡之变”。
此战中，明军以五十万大军对抗追袭的两万余瓦剌军，竟致全军覆没，实为中外战争史上所罕见。毫无疑问，这是一个偶然事件，既有战略的失误，又有战术的失策。而土木堡之变还有更严重的后果——
京军精锐毁于一旦，勇将重臣多人战死，皇帝被瓦剌军俘虏，朝野震动，大明王朝遭遇到自建国以来从所未有的严重危机，面临着严峻的考验……
明代驿路图
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[1]大都：今北京，时为元朝京城。徐达占领大都后，即改大都路为北平府。永乐年间又改北平为北京。
[2]濠州：今安徽凤阳。入明后改为凤阳府，辖凤阳、临淮、怀远、定远四县。朱元璋岳父郭子兴即为定远人。
[3]和州：今安徽和县。
[4]淮安：今江苏淮安。襄阳：今湖北襄阳（前名襄樊）。南阳：今河南南阳。归德：今河南商丘。陈州：今河南淮阳。许州：今河南许昌。汴梁：今河南开封。
[5]彭莹玉：元末袁州（今江西宜春）人。又名彭国玉、彭明，号称彭祖、彭和尚。十岁时出家于慈化禅寺，成人后加入弥勒教，成为当地教首。他精通医术，经常为寺院附近及慕名而来的群众治病，遂以行医为掩护布道，进行秘密反元活动。元顺帝至元四年（1338年），彭莹玉与门徒周子旺在袁州起义，周子旺被俘遇害，彭莹玉出走淮西，仍继续反元活动，门徒遍及江淮地区。至正十一年（1351年）五月，刘福通在颍州起义。起义军以红巾裹头，烧香聚众，故称“红巾军”，又称“香军”。彭莹玉积极响应，推徐寿辉为首领，建立天完政权，彭氏任军师。后在与元军战斗中牺牲。
[6]通州：今北京通州。
[7]开平：今内蒙古多伦西北。
[8]正因为徐达进军缓慢，才使得元顺帝从容逃走，当时朝野之间为此而议论纷纷，认为徐达有意纵敌者不在少数。明人徐祯卿在《翦胜野闻》中记录说：徐达和另一主帅常遇春一同进兵追击元顺帝，即将追到之时，徐达突然传令班师。常遇春大怒，立即去向朱元璋告状说：“（徐）达反矣，追兵及（元）顺帝而已之，其谋不可逆也。”朱元璋因此而怀疑徐达，并让人在徐达入见时扣留了他。不料徐达来见朱元璋时发现情形不对，干脆夺门逃走。朱元璋派人召见，表示赦免其罪，徐达死活不应。不得已，朱元璋只好亲自去探望，二人才重新和好。关于类似的记载还有许多，有的说徐达有意谋反，有的说徐达接受了元顺帝的贿赂，等等，不过均非正史。实际上，以徐达精明谨慎的性格，故意纵逃元顺帝的可能性不大。后世史学家赵翼认为徐达在灭元大事上