曾有师生之谊，得知李毓昌英年而逝后既感愕然，又深为惋惜。李泰清趁机将李毓昌之死的种种可疑之处告诉了初彭龄。初彭龄听后义愤填膺，立即亲写诉状，敦促李泰清携诉状到京师都察院（清代最高的监察、弹劾及建议机关）去控告。

　　就在李泰清及李士璜（李毓昌堂伯）要离开山东赴京告状之际，初彭龄又派人通知李泰清，要他立即将李毓昌灵柩在堂屋中就地掘坑深埋，以防有人前来窃尸焚骨，失去最关键的凭证。初彭龄久经宦途，饱经世故，对官场的险恶了如明镜。果然，就在李毓昌灵柩被深埋后的几天，听到风声的王伸汉派“盗贼”前来窃尸，但已经晚了一步，李毓昌灵柩已经被深埋入窖。“盗贼”无法下手，只好取走李氏大门前的旗杆顶子，以此为凭据回报王伸汉。

　　嘉庆十四年（1809）五月初，李泰清和李士璜到达北京，立即赶到位于紫禁城天安门（即明朝的承天门）前的宫廷广场西侧宫墙外的都察院具控喊冤。左都御史特克慎接了诉状，李泰清将事情经过告知，并将血衣、禀帖残稿、银簪等证物呈上。特克慎一听说新科进士、朝廷命官李毓昌被人谋杀，显见案情复杂，便暂时收了诉状，没有明确表态。

　　几天后，初彭龄也到达北京。他此行的主要目的是回京述职，但也十分关心李毓昌一案。回到北京当天，初彭龄赶到都察院询问李毓昌案情。特克慎并不知道诉状其实就是初彭龄所写，正想了解案情经过，认为初彭龄与李毓昌同乡，肯定知道内情，便将诉状交给他看。初彭龄假装看完诉状，说：“李毓昌是莱州府人氏，我祖籍本是登州府，并非同乡。”他这样说，则可以有效地避嫌。特克慎果然征询初彭龄的处理意见。初彭龄说：“李毓昌是朝廷命官，竟然被人谋害，此案重大之极。可事关其他朝廷命官，难免棘手。不如将诉状呈上，请皇上御批最为妥当。”特克慎深以为然。这样，在初彭龄的巧妙安排下，李毓昌命案被直接送到了嘉庆皇帝面前。

　　前面已经详细讲过嘉庆皇帝当时内外交困的处境，他正为吏治腐败、朝廷官员贪风泛滥而焦头烂额，接到都察院呈递的李毓昌命案诉状后，当即火冒三丈，立即下了两道圣谕：一是命山东巡抚吉纶立即派精干大员到即墨把李毓昌尸棺运到省城详验；二是命两江总督铁保及江苏巡抚汪日章将山阳知县及有关人证火速解京，由军机大臣会同刑部直接审讯。为了防止出现类似之前铁保徇私舞弊的情况，嘉庆皇帝在谕旨中特意强调说：“若不悉心研鞫，致凶手漏网，朕断不容汝辈无能之督抚，唯执法重惩，决不轻恕！”

　　山东巡抚吉纶之前已经因为在失察仓书舞弊一案中被降二级留任，此次接旨后不敢怠慢，一面调集精兵强将组建成验尸团，其中包括山东布政使朱锡爵、山东按察使张彤、济南知府徐日簪、武定知府金国宝、登州知府石俊、历城知县王嵩、嘉祥知县周以勋、德州知州周履端、阳谷知县王吉，这九名省、府、州、县官员作为监验官，一面派出人马赶到即墨调运李毓昌尸棺到省城济南。

　　尽管天子亲自批示要调查此案，山阳知县王伸汉仍然在作最后的努力。当吉纶派出的人马在即墨重新挖出李毓昌尸棺时，王伸汉的亲信包祥已经赶到济南，出重金买通了将要为李毓昌验尸的仵作。同一时间，李泰清等人也赶回了即墨，准备参与取棺验尸。只是他们对仵作已经被王伸汉买通一事尚懵然不知，完全蒙在鼓中。一方面是皇帝严查命案的圣旨和亲人为死者申冤的决心，一方面是凶手不肯坐以待毙的挣扎，案情由此更加复杂，真相还能大白于天下吗？

　　六月十一日，在山东布政使朱锡爵、寿光县县丞王会图、安丘县县丞杨遇春、即墨县知县谭文谟和李毓昌亲属李泰清、李毓奎、李毓庄等人的押护下，李毓昌尸棺到达山东省城济南南门外校场。校场已经搭好席棚、设下案桌，做好了验尸的准备。

　　六月十二日，验尸开始。此时，李毓昌死亡已经有八个月之久，尸体早已开始腐烂，从身体表面已经无法看出是毒杀还是上吊自杀。经过商议，监验官决定按宋代著名法医学家宋慈名著《洗冤录》中的蒸骨法进行蒸骨验尸。而这一点早已为山阳知县王伸汉所料到，他让买通的仵作在验尸时暗中放入了咸盐。这样，在盐的作用下，骨头蒸完后呈现绵白色，看上去并没有中毒迹象。

　　在场监验官无不面面相觑，如此大费周折，甚至惊动了皇帝，众人都以为必然是一桩大冤案，谁料竟然还是要维持原判。幸好此时李泰清上前尝了验尸的蒸骨水，发现有咸味，于是痛哭不已，要求重新蒸验。山东布政使朱锡爵同意了，他很有心机，第二次蒸验正要开始的时候，他突然叫停，走上去亲尝蒸骨水，发现仍然有咸味。至此，仵作作弊一事败露。朱锡爵大怒下，命人当场将作弊仵作杖毙。另取干净水蒸骨后，骨头全黑，李毓昌中毒已经是确认无疑。

　　不过此时又有新的疑点出来：新蒸骨骸中龟子骨仅呈微青色，而心坎骨又全无青色，这是怎么一回事？当场有名经验丰富的仵作对此解释说：“人中毒后，毒先入四肢，毒气攻心才能毙命。死者肯定是先中毒，但毒气还未攻心之前，他已经被勒颈而死。这样一来，毒气没有到达心尖，所以心坎骨无青色。”

　　这样的解释合情合理，但又有新的问题冒了出来：那就是李毓昌中毒后，到底是自己上吊还是被他人勒死后吊上屋梁？本来，在中国历史上，用上吊自杀来掩饰勒杀的情况非常普遍，《洗冤录》中记载有可以通过检验勒痕的做法来识别，通常勒杀后再吊上屋梁会在脖子上留下两道勒痕，还有一些其他迹象明显区别于自己上吊。但此时李毓昌尸体已经腐烂，无法从勒痕来辨别，监验官只能完全靠分析推理来解决疑惑。如果是李毓昌自己上吊，那么他的口鼻怎么会出血？即使是口鼻出了血，一个上吊之人又怎么会用自己的马褂衣袖去擦血迹呢？如此推断起来，李毓昌必然是他杀，但事实经过如何，就需要